《中华人民共和国监察法》第三十四条明确规定了监察机关与公安机关、检察机关等侦查机关对互涉案件的处理原则，即侦查机关在工作中发现公职人员涉嫌贪污贿赂、失职渎职等职务犯罪问题线索，应当移送监察机关，由监察机关依法调查处置；被调查人既涉嫌职务犯罪，又涉嫌其他犯罪的，一般应当由监察机关为主调查，侦查机关予以协助。监察机关与侦查机关互涉案件办理程序等问题需要依照上述规定，结合《中华人民共和国刑事诉讼法》和相关司法解释以及纪检监察机关审查调查、审理实践认真研究并予以规范。
监察机关与侦查机关互涉案件限于主体同一型互涉，即同一主体既实施了职务犯罪，又单独或与他人共同实施了普通犯罪；或者同一主体既实施了普通犯罪，又同时系职务犯罪的共犯。需要指出的是，职务犯罪和普通犯罪并非同一主体实施，但犯罪事实之间有较强的牵连关系的事实互涉型案件，虽然不属于《中华人民共和国监察法》第三十四条第二款规定的互涉案件，但监察机关与侦查机关在调查、侦查中应当按照《中华人民共和国宪法》第一百二十七条第二款和《中华人民共和国监察法》第四条第二款的规定互相配合，协同完成调查、侦查工作。
依照《中华人民共和国监察法》第三十四条第二款、《监察机关监督执法工作规定》第六条、第六十九条和《中央纪委国家监委立案相关工作程序规定（试行）》第二十四条等规定，监察机关与侦查机关互涉案件主要有分案办理、并案办理两种办理模式。
分案办理，又称分别管辖，是指监察机关、侦查机关分别对依法属于其管辖的职务犯罪、普通犯罪案件进行调查、侦查，且一般以监察机关为主调查，侦查机关协助的办理模式。监察机关与侦查机关互涉案件采用分案办理模式，调查、侦查终结前，监察机关应当与侦查机关协商，并与检察机关沟通，确定并案审查起诉的检察机关及相关事宜。
实践中，一些地方监察机关在调查职务犯罪问题过程中发现被调查人还涉嫌普通犯罪线索的，是在将涉嫌职务犯罪问题移送检察机关审查起诉后，再将普通犯罪线索移送侦查机关，其中有的是在移送侦查机关前由监察机关先行一并查清基本犯罪事实，有的则尚未查明基本犯罪事实，无论是哪种情况，均属于监察机关、侦查机关各自办理，相互之间基本没有协同，不属于监察机关、侦查机关互涉案件分案办理模式。需要指出的是，采取这种办理模式，如需同级检察机关并案审查起诉，在不考虑检察机关审查起诉阶段改变管辖致使审查起诉期限重新计算的情况下，侦查机关需在检察机关审查起诉期限内侦查终结并移送审查起诉，相应侦查时间较为紧张，且因监察机关、侦查机关相互之间沟通不够，可能会对证据收集调取特别是证据之间的相互印证带来很大挑战，故实践中对职务犯罪事实与普通犯罪事实之间有较强牵连关系的案件，不宜采取这种模式；对职务犯罪事实与普通犯罪事实之间没有牵连关系的案件，一般也不宜采取这种模式。
并案办理，又称合并管辖，是指监察机关对依法属于其管辖的职务犯罪和侦查机关管辖的职务犯罪或者普通犯罪案件一并进行调查的办理模式。其中：（1）涉及检察机关管辖的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁罪、非法搜查罪、刑讯逼供罪、暴力取证罪、虐待被监管人罪、滥用职权罪、玩忽职守罪、徇私枉法罪、私放在押人员罪、失职致使在押人员脱逃罪，以及民事、行政枉法裁判罪，执行判决、裁定失职罪，执行判决、裁定滥用职权罪和徇私舞弊减刑、假释、暂予监外执行罪等14个罪名的，鉴于司法工作人员均属于公职人员、上列犯罪均属于职务犯罪，依照《中华人民共和国监察法》第三条、《中华人民共和国刑事诉讼法》第十九条第二款、《监察机关监督执法工作规定》第六条第二款和最高人民检察院《关于人民检察院立案侦查司法工作人员相关职务犯罪案件若干问题的规定》，可以由监察机关一并调查，并在调查终结后将全部犯罪事实移送检察机关审查起诉。若检察机关已经立案侦查，经沟通认为全案由监察机关管辖更为适宜的，检察机关应当撤销案件，将案件和相应职务犯罪线索一并移送监察机关。（2）涉及公安机关管辖的普通犯罪，若并案调查更为适宜的，监察机关可以将普通犯罪问题与职务犯罪问题一并调查，必要时可以请公安机关提供协助。需要指出的是，若公安机关已立案侦查的，鉴于公安机关不宜以案件由监察机关办理为由撤销案件，故监察机关不宜采取并案办理模式；若普通犯罪涉及其他非监察对象的共犯的，鉴于监察机关不能对该共犯采取留置措施等原因，监察机关对该部分人员一般不宜并案办理，而应采取分案办理模式，由公安机关依法办理。
